Фирмы, у которых есть обособленные подразделения, должны удерживать и перечислять в бюджет НДФЛ с дохода работников по месту нахождения головной организации, а также по месту нахождения каждого из подразделений. Это предусмотрено пунктом 7 статьи 226 Налогового кодекса. Причем такой порядок применяется независимо от места жительства самого сотрудника, а также не зависит от того, заключен ли с ним трудовой договор или договор гражданско-правового характера. Такие разъяснения дали пермские налоговики на сайте областного УФНС.