Доходы налогоплательщика в виде сумм, полученных от реализации доли в организации, из-под действия статьи 226 Налогового Кодекса не исключаются.

Другими словами, при получении налогоплательщиком такого дохода организация, являющаяся источником его выплаты, признается налоговым агентом и обязана исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы физических лиц.

При этом, в соответствии с абзацем вторым подпункта 1 пункта 1 статьи 220 НК при продаже доли (ее части) в уставном капитале организации, вместо использования права на получение имущественного налогового вычета налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.

При этом налоговый агент эти расходы учесть не может. Поэтому налогоплательщику придется подавать налоговую декларацию в ИФНС и при подаче отчета заявлять право на расходы. (Письмо Минфина РФ от 13 июня 2006 года № 03-05-01-04/156).